早在1928年，中国现代医学的先驱伍连德、谢和平和林宗扬等在北京发起成立过中国微生物学会，1937年改称中国病理学微生物学会，移会址于上海。1945年在广州开过大会，到会者百余人。1949年新中国成立后，于1950年在中华医学会首都大会上成立过中华微生物学会。1952年正式成立中国微生物学会，在北京召开第一次全国代表大会，理事长为著名微生物学家汤飞凡教授。