中国微生物学会早期的发起人之一伍连德是国际细菌学会联合会的发起人之一。1930年、1936年、1939年、1947年和1953年均有我国代表参加国际微生物学会联合会的学术活动。1947年，汤飞凡曾代表中国微生物学界参加过国际细菌学会联合会（IUBS，后改名为国际微生物学会联合会（IUMS））在哥本哈根的会议，并当选为执行委员。

　　解放后一度中断了与该联合会的联系。1979年，该联合会秘书长J C 施奈茨博士访问我国时和我会第三届副理事长方心芳又讨论了重新加入该联合会的问题，经报请国务院批准，1980年6月份又对该联合会提出申请，1980年9月6日该联合会在荷兰阿姆斯特丹举行的执委会上通过了我学会重新加入国际微生物学会联合会（IUMS）。

　　1980年以来，我学会参加了第13届（1982）、第14届（1986）国际微生物学会议，1990年8月，学会理事长焦瑞身先生和病毒学专业委员会主任委员朱关福先生出席了在西柏林召开的第15届国际微生物学会联合会大会，为解决中国微生物学会在IUMS中的正确称谓作出了积极的努力。当时在IUMS组织中解决中国微生物学会在IUMS中的正确称谓基本采用奥运模式，首先与中国台湾代表团负责人协商，达成一致意见，每届参加都如此，得到IUMS的认可： 1. 双方在论文和报告时不提及全称，用英文时双方均采用China；2. 会场外不挂台湾旗帜，只挂中华人民共和国五星红旗；3. 称谓基本上为中国，中国台北；4. 据讲，因为加入IUMS并不一定只接纳国家一级学会，同时也可接纳省级学会，故台湾作为一个省参加IUMS，在当时应该算比较好的解决了“两个中国”的问题。

　　1994年派出了理事长李季伦先生和副理事长莽克强先生参加在布拉格举行的国际微生物学会联合会执行局改选会议。1999年8月，在悉尼召开的IUMS大会上，我学会曾毅院士成功竞选为执行委员，并参加2000年在法国举办的IUMS执委会议，带去了介绍中国微生物学会的资料，为巩固我会在国际组织中的地位打下了基础，之后与IUMS的交流更加密切。

2002年，国际微生物学会联合会（IUMS）副主席Luciano Polonelli教授(下图正中）及夫人等一行7人，应中国微生物学会的邀请访问了北京、上海两地。Luciano Polonelli教授希望中国微生物学会能够更多的参与国际学术活动，让大家了解中国，让中国微生物学会走向世界。

　　2005年10月，国际微生物学会联合会新当选的主席Karl Heinz Schleifer教授全权委托中国微生物学会秘书长肖昌松先生代表IUMS参加在苏州举行的国际科联第28次全体大会。

　　2006年6月，IUMS主席Karl Heinz Schleifer教授（下图左起第3位）接受中国微生物学会邀请，访问了北京、上海。通过参观中国科学院微生物研究所、首都儿科研究所和上海交通大学、复旦大学、国家人类基因组南方中心和上海芯片中心等科研院所和高校，Karl-Heinz Schleifer教授肯定了中国在微生物学领域的惊人发展，同时也加深了对中国微生物学界的了解。Karl-Heinz Schleifer教授希望中国微生物学专家多与世界微生物学专家加深交流，让中国的微生物学事业走向世界。

　　2008年12月5日，国际微生物学会联合会（International Union of Microbiological Societies, IUMS）主席、阿根廷布宜诺斯艾利斯大学的Daniel Sordelli教授（下图左起第6位），IUMS候任主席、英国伦敦帝国理工学院的Geoffrey L. Smith 教授（下图左起第5位）应邀参加中国科学院微生物研究所50周年所庆活动，并于当日访问了中国微生物学会并进行了座谈。此次会谈对于促进我国微生物学界与国际微生物学联合会的联系并进一步加强国际合作，扩大学会的国际影响，具有积极的意义。