发酵工程已在许多行业作出了巨大贡献。在食品工业中，可利用细菌的发酵来生产味精。利用发酵法生产味精比传统的盐酸水解小麦面筋生产味精可节约粮食26%左右，降低成本大约10%。利用发酵工程还可以生产新型的生物色素，如β－胡萝卜素等。在点心等食品的加工中，可用它来替代对人体有害的化学色素。如将乳酸菌接种到牛奶中，这些乳酸菌经过发酵后就可将牛奶制成酸奶了。利用微生物发酵还可以生产柠檬酸。在动物饲料的生产中，可利用微生物发酵来生产蛋白质，从而可解决目前因人口不断增加、耕地日益减少而造成的动物饲料中蛋白质来源不足的问题。利用发酵工程还可生产多种抗菌素，如青霉素、头孢霉素等；生产各种维生素，如维生素B 和维生素C；生产抗癌药物和狂犬病疫苗等。发酵工程在生产生物农药、新型能源的开发利用、冶金工业等方面，也同样取得了极大的成功。

微生物对各种恶劣的环境具有高度的适应性。这种适应性还表现在当环境发生改变时，许多微生物会迅速地调整原来的生活习性，以适应新的环境。当环境恶劣到实在不利于生活时，有的微生物还会不“吃”不“喝”，“闭门睡觉”，进入暂时的休眠状态，以渡过难关。一旦条件适宜，这些休眠的微生长又可以照样生物和繁殖。对环境有如此高强的适应能力是微生物又一特点。微生物的这两大特点使它们成为地球上占有量最为广阔的生存空间的生物。