《微生物学通报》1974年创刊，是中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办，国内外公开发行，以微生物学应用基础研究及技术创新、应用为主的综合性学术期刊。刊登内容包括：基础微生物学研究；农业微生物学研究；工业微生物学研究；医学微生物学研究；食品微生物学研究；环境微生物学研究；微生物功能基因组研究；微生物蛋白组学研究；微生物模式菌株研究；微生物工程与药物研究；微生物技术成果产业化及微生物教学研究改革等。

本刊为中国生物科学类核心期刊。曾获国家级优秀科技期刊三等奖，中国科学院优秀科技期刊三等奖，北京优秀科技期刊奖，被选入新闻出版署设立的“中国期刊方阵”并被列为“双效”期刊。